پس از انتخاب اعضای هیات مدیره توسط مجمع، این هیات بر اساس آیین‌نامه اقدام به معرفی چند نفر برای تصدی سمت بازرس می‌کند. بدیهی است که این افراد، از همان ابتدا وابستگی زیادی به هیات مدیره داشته و مورد اعتماد آن خواهند بود. همچنین، به جز یک نفر، سایر اعضای شورای انتظامی نیز مستقیماً توسط هیات مدیره انتخاب می‌شوند. نتیجه این رویکرد آن است که در واقع به‌جای سه رکن مستقل، تنها یک رکن داریم. این مسئله در عمل نظارت بر عملکرد ارکان را بی‌اثر کرده است، زیرا اگر یکی از اعضا بخواهد شکایتی را در خصوص عملکرد شورای انتظامی مطرح کند، چه نزد بازرس و چه نزد هیات مدیره، در واقع شکایت خود را به همان مجموعه‌ای برده است که مسئول رسیدگی به این تخلفات است.
راهکارهایی برای پوشاندن این نقص ارائه شده‌اند، از جمله اینکه تخلفات هیات مدیره در شورای انتظامی بررسی شود؛ اما اصل بر این است که مشکلات سازمان‌های استانی باید در داخل همان سازمان حل شوند و نه با روش‌هایی که نظارت را تحت‌الشعاع قرار می‌دهد.
نکته عجیب دیگر، یکی شدن سازمان استان با ادارات راه و شهرسازی همان استان است. تفسیر نادرست از حق نظارت عالیه ادارات کل بر سازمان باعث شده که هیات مدیره در کوچک‌ترین مسائل نیز از این ادارات کسب تکلیف کند، که این امر استقلال لازم سازمان را از بین برده است و آن را عملاً به زیرمجموعه‌ای از راه و شهرسازی تبدیل کرده است. این وضعیت به این معناست که حتی اعضای سازمان نیز نمی‌توانند شکایات خود را به ادارات کل ارائه دهند.
بنابراین، یکی از مهم‌ترین اصلاحات مورد نیاز نه در متن قانون بلکه در آیین‌نامه اجرایی است، تا استقلال و خودمختاری هر یک از ارکان سازمان تقویت شود. این مهم تنها با انتخاب مستقیم اعضای این ارکان توسط مجمع امکان‌پذیر خواهد بود. اصلاح این آیین‌نامه می‌تواند به بازگرداندن نظارت مؤثر و ایجاد ساختاری شفاف و کارآمد در نظام مهندسی کشور کمک کند.